綠島人權文化園區之誕生，源於白色恐怖時期兩座「政治犯」監獄——臺灣省保安司令部新生訓導處（1951～1965年）及國防部綠島感訓監獄——綠洲山莊（1972～1987年）。

1987年解嚴後，綠洲山莊裁撤，房舍由國防部移轉法務部，並交由臺灣綠島監獄代管。1997年，法務部著手整修綠洲山莊，擬作綠島監獄分監；經立法委員施明德等人建議，保留原貌以作為史料館或紀念館之用。據此，由於見證了臺灣政治人權遭迫害的苦難歷程，2001年起將綠洲山莊與緊鄰的新生訓導處、人權紀念公園等白色恐怖監禁場域，規劃為「綠島人權文化園區」。

自1950年代起，全臺遭囚禁超過30年的政治受難者逾20人；更有遭判「無期徒刑」而關押長達34年7個月者，即由綠洲山莊釋放。這種人身監禁紀錄為世界罕見，尤凸顯出本園區在人權歷史中的意義。