本計畫有三大目標：

（1）調查金門「白色恐怖」歷史場址：根據服務建議書，本計畫原訂調查12處歷史場址。最終納入了13處場址，包括5處審訊空間、3處判決空間、3處刑場空間及2處感訓（服刑）空間。詳細調查成果請參見本報告第四章。

（2）了解居民涉入侵害人權事件的背景：本計畫進一步調查了當地居民在威權時期涉及侵害人權事件的背景、相關場域的生活情況及後續發展，並探討當地民眾對威權政府的觀感，以理解威權統治對金門地區居民的影響。詳細調查成果請參見本報告第三章。

（3）探討威權統治對自由、人權與法制體系的影響：本計畫也探討了金門地區威權政府管控對自由、人權與法制體系的影響，並對金門與本島間的差異進行分析。詳細成果請參見第二章，其中第六節特別針對金門與台灣地區「白色恐怖」執行狀況進行量化比較。