民國87年5月28日，立法院制定《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》，同年6月17日總統令公布施行，行政院即依法設立「財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會」（簡稱補償基金會），專責辦理戒嚴時期政治案件受難者之補償、回復名譽與關懷撫慰等相關事宜。民國103年3月8日，補償基金會階段性任務完成後結束運作，運作期間共完成10,067件申請補償案。
補償卷宗，係補償基金會辦理政治案件受難者或家屬申請補償執行業務時所產生之行政公文（如申請書、相關單位公文往返、案件審查意見等），以及辦理補償業務過程中進行案件調查時，向各機關之檔案文件（如受難者判決書、起訴書、身分簿等）；補償卷宗裡每位受裁判者每次申請提出均有一個獨立案號，並單獨為一份卷宗，部分受裁判者（或申請者）因個別因素，多次向補償基金會提出申請，因此卷宗就會出現同一位受裁判者卻有多份卷宗的情形。截至補償基金會結束運作，共有10,067件申請案（卷宗），共8,850人提出申請。
民國103年3月，補償基金會完成階段性任務結束運作後，人權館承接補償基金會的10,067件補償申請案卷宗，並負責後續的卷宗整編、開放應用等各項工作。
補償卷宗內，因具有許多關於個人資料訊息，如受裁判者（或申請者）的地址、生日、身分證字號以及補償基數等，受限於個人資料保護法等相關法律規範，本館在開放申請調閱的條件下需在符合現行法規之基礎下進行。
因此，人權館多次徵詢過政治受難者、學者專家（歷史、法律、政治）與相關部會後，決定採取分離開放的方式進行卷宗開放應用，檔案中涉及個資訊息處將進行遮掩。
人權館第一階段選擇優先開放「遭擊斃或被判死刑」及「本人或親友曾接受人權館口訪」的受裁判者卷宗，共計1,038案984位受裁判者（1,038案中有受裁判者申請兩次或三次以上，每次申請案均為一案卷，故案卷數多於受裁判者數量）；基於逝世之受難者，較無個資疑慮；而「本人或親友曾接受本館口訪」之受裁判者卷宗列入為優先開放，是希望使用者在閱覽補償卷宗的同時，能交互比對該位受裁判者之口述歷史，讓卷宗與口述歷史能夠進行對話，使卷宗運用更具意義。
1、申請人先至本館網站「補償卷宗開放應用專區」，瀏覽「補償卷宗目錄」，從目錄中確認擬申請的卷宗，下載申請書並在填列完成後，可親送、郵寄或以電子郵件方式向本館提出申請（電子信箱：nhrm105@nhrm.gov.tw；申請書寄送地址：23150新北市新店區復興路131號典藏研究及檔案中心，請於信封註明「補償卷宗申請書」），本館於14個工作天回覆申請人申請結果。每人每次限申請三件卷宗，申請人須完成取件後，才可再提出下次申請。
2、閱覽運用卷宗：申請人閱覽補償卷宗應統一在本館閱覽室進行，申請人申請通過後，本館將通知申請人閱覽卷宗的時間；本館閱覽室地址：新北市新店區復興路一三一號，開放時間為星期一至星期五上午九時至十二時三十分、下午一時三十分至五時（例假日及國定假日不提供閱覽卷宗服務）。
3、目前補償卷宗運用不提供複製、翻拍，亦不接受各式隨身碟、行動硬碟進行讀取，申請者如有需要可利用紙筆抄錄或攜帶筆記型電腦、平板電腦繕打。
請問貴館的審核流程是甚麼？
Ans：
1、人權館收受申請書後，將由典藏研究及檔案中心受理。
2、受理單位確認申請書內容，如有誤繕，請申請人補正或提供相關資訊申請。
3、受理單位檢查申請案件是否符合規定，如有不合規定或資料不全者，應通知申請人14日內補正；逾期不補正或無可補正者，得駁回申請。受理申請，應自受理之日起 14日內，由本館以書面（郵寄或EMAIL）通知申請人審核結果。
如有補正資料者，自申請人補正之日算起。
4、人權館審核通過後，將寄送「補償檔案應用審核通知書」通知申請人，申請人收到通知書後，來電與本館預約到館時間後持通知書至服務櫃檯閱覽申請之卷宗。
如何查詢補償金會的檔案呢？
Ans：補償卷宗開放應用專區裡有目錄清單可下載，藉由目錄清單找尋欲查詢之檔案即可。
請問，我看得到實體案卷嗎？
Ans：目前只能閱覽數位影像。
調閱的檔案可以帶走嗎？
Ans：目前人權館僅提供抄寫服務，不提供影印、掃描等服務，亦禁止隨身碟複製、照相等任何複製檔案的方式。
檔案如果都經過遮掩，那還看得到檔案內容嗎? 會不會影響閱讀？
Ans：人權館僅就影響個人識別的資料進行處理，例如電話、身分證字號、縣市以下的地址，不會大量遮蔽檔案內容，因此調閱的檔案皆不會影響閱讀。
申請補償基金會檔案是否需要付費？
Ans：目前人權館為推廣大眾使用補償卷宗，暫不收取費用，申請即可調閱。
請問，閱覽補償基金會卷宗是否有限制年齡？
Ans：沒有，申請人權館補償基金會檔案並無年齡限制。
到人權館閱覽基金會檔案時需攜帶甚麼文件：
Ans：申請檔案應用應出示「檔案應用申請審核通知」及身分證明文件（身分證、駕照、健保卡等）。
